Gustav Mahler hatte als Jude oft unter nationalistischen und antisemitischen Tendenzen zu leiden. Gleichwohl fühlte er sich der christlichen Erlösungsidee verbunden. Die Grundidee, dass ohne Vergehen keine Auferstehung möglich sei, prägte sein Denken – auch in der Auferstehungs- Sinfonie. Dieser Beiname rührt vom letzten Satz der zweiten Sinfonie her, einer Vertonung von Klopstocks Gedicht Aufersteh‘n, ja aufersteh‘n aus seinem Messias. Mahler lernte es während der Trauerfeier für Hans von Bülow kennen. Dort sang ein Chor diese Verse, und Mahler war wie vom Blitz getroffen. Er machte sich unverzüglich an die Arbeit am noch fehlenden letzten Satz seiner Sinfonie.

Die Werkgestalt seiner c-Moll-Sinfonie war dem Komponisten lange Zeit ein Problem. Mahler schwankte, ob die ersten drei Sätze eine Einheit seien oder ob gar der erste Satz als selbstständige Komposition (Todtenfeier) aufzufassen sei. In einem Brief schrieb er, es sei „der Held meiner D-Dur-Sinfonie, den ich da zu Grabe trage, und dessen Leben ich, von einer höheren Warte aus, in einem reinen Spiegel auffange“. Später legte er die heute gültige Werkgestalt mit fünf Sätzen fest, von denen er die drei mittleren als „Intermezzi“ begriff. Ende 1895 fand in Berlin die Uraufführung des Werks unter Mahlers Leitung statt. Nach der Aufführung brach er, schwer von Migräne geplagt, in der Garderobe zusammen.